- Капитан Шепард — протагонист первой и второй игр серии. Перед началом игры игрок может выбрать пол персонажа, изменить его внешность или же принять установленную по умолчанию, а также решить, каким классом он будет играть. Класс персонажа можно будет выбрать только после небольшого вступления игры.
Уничтожив Сарена и Властелина в первой части игры, Шепард начинает готовиться к широкомасштабной войне со Жнецами. Однако планам капитана не суждено сбыться: «Нормандия СР-1» уничтожена, капитан на грани жизни и смерти. Благодаря проекту «Лазарь» Шепард выживает. Очнувшись, капитан узнаёт, что был мертв два года, и его все считают погибшим. Поняв, что ни Альянсу, ни Совету Цитадели до него нет дела, он соглашается сотрудничать с «Цербером». Капитану предстоит снова сделать невозможное…
Напарники :
Шепард, как и в первой части трилогии, имеет возможность выбрать двоих напарников в свою команду, но само число возможных компаньонов увеличено до 10-и (+2 из DLC). Кроме того, в отличие от первой части, Шепарду придется заслужить доверие у своих напарников . От лояльности компаньонов во многом будет зависеть кто из них переживет финальную миссию.
Кроме обычных способностей соответствующих классу напарника у каждого из них будет своя уникальная способность, для разблокирования которой придется выполнить связанный с напарником квест.
Классы напарников в основном являются смешанными, которые также доступны Шепарду.
- Тейн Криос — искусный убийца, очень религиозен. Смертельно болен — на момент встречи с Шепардом ему остался максимум год жизни.
- Грюнт — искусственно выращенный «идеальный» кроган, пытающийся найти свое место в мире.
- Джек — одна из самых известных преступниц в Галактике. С ее биотической силой сравнима только её жестокость и психическая неустойчивость.
- Мордин Солус — бывший боец подразделения саларианского спецназа ГОР (Группа Особого Реагирования). Принимал участие в разработке новой модификации генофага кроганов.
- Тали’Зора вас Нормандия — одна из напарниц Шепарда в первой части игры.
- Самара — странствующий юстициар.
- Моринт — дочь Самары, страдающая генетическим дефектом, вызывающим психопатию и смерть половых партнеров из-за неправильного ментального слияния.
- Миранда Лоусон — агент Цербера в команде Шепарда. Лично знакома с Призраком.
- Джейкоб Тейлор — бывший солдат Альянса. Работал под началом Миранды Лоусон.
- Легион — «истинный гет», носящий кусок брони Шепарда. Изучает органическую жизнь.
- Гаррус Вакариан — экс-напарник из Mass Effect, бывший сотрудник СБЦ.
Экипаж «Нормандии»
- Джефф «Джокер» Моро — экс-пилот «Нормандии СР-1». Согласился сесть за штурвал нового корабля.
- Доктор Чаквас — экс-военврач «Нормандии СР-1». Согласилась снова присоединиться к команде.
- Келли Чемберс — ассистент Шепарда, выполняет функции секретаря. Также имеет образование психолога, её неофициальная задача — наблюдение за командой. - -Келли является потенциальной романтической заинтересованностью Шепарда (как женского, так и мужского типа персонажа).
Противники
- Геты-еретики — часть гетов, которая принимает власть жнецов.
- Жнецы — механическая раса, чье вторжение Шепард предотвратил в первой части трилогии, уничтожив «Властелина».
- Коллекционеры — загадочная раса, впервые упоминается во второй книге Дрю Карпишина «Mass Effect: Ascension».
- «Затмение» — бандитская группировка, основанная бывшей десантницей-азари. Преимущественно состоит из азари, людей и саларианцев. Основное поле деятельности — промышленный шпионаж. Для вступления в ряды банды необходимо совершить как минимум одно убийство.
- «Кровавая Стая» — бандитская группировка, состоящая преимущественно из кроганов. Также в рядах встречаются варрены и ворка, выполняющие роль «пушечного мяса». Занимаются частным охранным бизнесом. Главные силы сосредоточены на Тучанке.
- «Синие Светила» — преступная группировка, официально занимаются охранным бизнесом и конвоированием заключенных, а неофициально промышляют работорговлей, вымогательством, пиратством. Состоят из людей, батарианцев и турианцев. Основаны Заидом Массани и Видо Сантьяго.